Nowe badania naukowców z Uniwersytetu Cambridge, opublikowane w „The Lancet Oncology”, pokazują, że sekwencjonowanie całego genomu (WGS – whole genome sequencing) może znacząco wpłynąć na sposób leczenia raka piersi. Analiza niemal 2500 przypadków pacjentek z Anglii wskazuje, że dzięki tej technologii możliwe jest lepsze dopasowanie terapii, poprawa rokowania oraz szerszy dostęp do badań klinicznych. W kontekście rosnącej liczby zachorowań – 2,3 mln przypadków rocznie na świecie – badania te mogą mieć istotne znaczenie dla systemów ochrony zdrowia.
Z tego artykułu dowiesz się…
- Jak sekwencjonowanie całego genomu (WGS) może pomóc w precyzyjnym dopasowaniu leczenia raka piersi.
- W jaki sposób mutacje genetyczne wpływają na rokowanie i dobór terapii u pacjentek.
- Ile pacjentek rocznie może skorzystać na wykorzystaniu WGS w praktyce klinicznej.
- Dlaczego WGS może zrewolucjonizować rekrutację do badań klinicznych i przyspieszyć rozwój nowych terapii.
Sekwencjonowanie całego genomu – czym jest i jakie ma znaczenie?
Sekwencjonowanie całego genomu to zaawansowana technika analizy DNA pacjenta oraz jego guza nowotworowego. Pozwala wykryć zmiany genetyczne, które mogą stanowić zarówno przyczynę nowotworu, jak i wpływać na jego dalszy rozwój. Dzięki WGS lekarze mogą zidentyfikować mutacje wpływające na podatność na leczenie lub przeciwnie – ujawniające oznaki oporności nowotworu na określone terapie. Metoda ta dostarcza także informacji prognostycznych, pozwalając lepiej przewidywać przebieg choroby.
Dlaczego WGS nie jest jeszcze standardem?
Choć koszt sekwencjonowania spada – firma Ultima Genomics ogłosiła możliwość wykonania analizy całego genomu za 100 dolarów – technologia ta nie jest jeszcze szeroko dostępna. W Wielkiej Brytanii WGS oferowane jest w ramach NHS Genomic Medicine Service, ale tylko w przypadku niektórych nowotworów u dorosłych, nowotworów rzadkich i nowotworów wieku dziecięcego. Jak zaznacza prof. Serena Nik-Zainal z Uniwersytetu Cambridge:
Coraz częściej można wykorzystać sekwencjonowanie całego genomu do informowania o leczeniu raka, ale można twierdzić, że nie wykorzystuje się w pełni jego potencjału, a już na pewno nie w przypadku niektórych z częściej występujących typów raka.
Przyczyną są zarówno ograniczenia organizacyjne, jak i brak wystarczających danych z badań klinicznych oraz trudność w interpretacji ogromnej ilości uzyskiwanych informacji.
Badanie obejmujące 2500 pacjentek z Anglii – co odkryto?
Zespół badaczy wykorzystał dane niemal 2500 kobiet z rakiem piersi, zebrane w ramach projektu 100 000 genomów i przechowywane w National Genomic Research Library. Dane zostały połączone z dokumentacją kliniczną oraz danymi dotyczącymi zgonów i obejmowały pięcioletni okres obserwacji.
W wyniku analizy naukowcy odkryli, że aż 27% przypadków raka piersi wykazywało cechy genetyczne, które mogłyby pomóc w natychmiastowym dostosowaniu leczenia – zarówno przy użyciu istniejących leków, jak i poprzez kwalifikację do badań klinicznych. Przełożenie tego wyniku na populację brytyjską oznaczałoby ponad 15 000 kobiet rocznie, które mogłyby skorzystać z bardziej precyzyjnej terapii.
Wśród najważniejszych cech zidentyfikowano:
- HRD (niedobór naprawy kierowanej homologią) – obecny w 12% przypadków,
- unikalne mutacje, które można wykorzystać terapeutycznie,
- sygnały oporności na leczenie hormonalne,
- mutacyjne wzorce wskazujące słabości guza, które można wykorzystać klinicznie.
Dodatkowe 15% przypadków wykazywało cechy, które mogą mieć znaczenie w przyszłości, m.in. zaburzenia w innych szlakach naprawy DNA. W skali roku to potencjalnie ponad 8300 pacjentek.
Lepsze rokowania dzięki WGS
Sekwencjonowanie całego genomu pozwala również trafniej określić rokowanie. W przypadku najczęstszej postaci raka piersi (ER+HER2–, około 70% przypadków), analiza WGS wykazała, że niektóre zmiany strukturalne DNA, mutacje w genie TP53 czy wzorce mutacyjne typu APOBEC są silnie związane ze zwiększonym ryzykiem zgonu. Co istotne, markery te okazały się bardziej predykcyjne niż tradycyjne czynniki kliniczne, takie jak wiek, stadium choroby czy stopień złośliwości.
Na podstawie tych wyników zespół badawczy opracował ramy decyzyjne wspierające lekarzy w ocenie, które pacjentki powinny być leczone bardziej agresywnie, a które mogą być kwalifikowane do terapii mniej intensywnych. Według szacunków badaczy, około 7500 kobiet rocznie z guzami o niskim stopniu złośliwości mogłoby odnieść korzyść z intensyfikacji terapii.
Wpływ na badania kliniczne i przyszłość leczenia
Profesor Nik-Zainal podkreśla, że WGS może również zrewolucjonizować sposób prowadzenia badań klinicznych:
Obecnie testujemy pacjentów pod kątem niewielkiej liczby mutacji genetycznych i możemy zaprosić ich do udziału w badaniu klinicznym, jeśli u pacjenta występuje mutacja zgodna z celem badania. Jeśli jednak otrzymamy pełny odczyt genetyczny, nie będziemy już ograniczeni do pojedynczych badań z konkretnym celem. Moglibyśmy znacząco zwiększyć potencjał rekrutacji do wielu badań klinicznych równolegle, usprawniając rekrutację i ostatecznie znacznie przyspieszając dobór odpowiednich terapii do odpowiednich pacjentów.
Główne wnioski
- 27% pacjentek z rakiem piersi wykazywało cechy genetyczne umożliwiające natychmiastowe dostosowanie leczenia – to potencjalnie ponad 15 000 kobiet rocznie w Wielkiej Brytanii.
- WGS ujawnia predykcyjne mutacje (np. TP53, sygnatury APOBEC), które lepiej niż tradycyjne metody prognozują przebieg choroby.
- Technologia może zwiększyć skuteczność rekrutacji do badań klinicznych, pozwalając lepiej dopasować pacjentki do celowanych terapii.
- Badanie potwierdza potrzebę szerszego wdrożenia sekwencjonowania genomowego w onkologii – zarówno w diagnostyce, jak i leczeniu.
Źródło:
- The Lancet
- University of Cambridge
